Druhou bola tvorba eukaryotických bunieksvojím významom (po vzniku samotného života) evolučnou udalosťou. Hlavným a zásadným rozdielom medzi eukaryotmi a prokaryotickými organizmami je prítomnosť dokonalejšieho systému genómov. V dôsledku vzniku a vývoja bunkového jadra sa výrazne zvýšila miera adaptability jednobunkových organizmov na pravidelne sa meniace podmienky existencie a schopnosť rýchlo sa adaptovať bez zavedenia významných dedičných zmien v génovom systéme.
Eukaryotická bunka, ktorej cytoplazmaje oblasť aktívnych metabolických procesov, bezpečne oddelená od zóny uchovávania, čítania a reduplikácie genetickej informácie, schopná ďalšieho biologického vývoja. Podľa vedcov sa táto epochálna a osudová evolučná udalosť konala pred 2,6 miliardami rokov na križovatke dvoch geologických míľnikov - archanského a proterozoického.
Zvýšená adaptabilita a odolnosťbiologické štruktúry sú nevyhnutnou podmienkou úplného biologického vývoja. Práve vďaka svojej vysokej adaptívnej kapacite sa eukaryotická bunka mohla vyvinúť na mnohobunkové organizmy so zložitou štrukturálnou organizáciou. V mnohobunkových biologických systémoch skutočne bunky s rovnakým genómom, prispôsobujúce sa meniacim sa podmienkam, vytvárajú úplne odlišné tkanivá, a to pokiaľ ide o ich morfologické vlastnosti a funkčnosť. Je to veľké evolučné víťazstvo eukaryotov, ktoré viedlo k vzniku takej veľkolepej rozmanitosti životných foriem na planéte ak vstupu na evolučnú scénu samotného človeka.
Štruktúra eukaryotických buniek mániekoľko charakteristík, ktoré nie sú charakteristické pre prokaryoty. Eukaryotická bunka obsahuje veľké množstvo genetického materiálu (90%), ktorý je sústredený v chromozomálnych štruktúrach, čo zaisťuje ich diferenciáciu a špecializáciu. Akákoľvek eukaryotická bunka je charakterizovaná prítomnosťou samostatného jadra. Toto je hlavný rozlišovací znak tohto typu bunky. Ďalším dôležitým rozdielom od prokaryotov sú organely eukaryotických buniek - trvalé a rozmanité vnútrobunkové štruktúry.
Eukaryotické bunky verzusprokaryotikum má komplexnejší viacstupňový systém vnímania rôznych látok. V prírode neexistuje typická univerzálna bunka eukaryotického typu. Všetky sa vyznačujú neuveriteľnou rozmanitosťou, ktorá je dôsledkom potreby evolučnej adaptácie. Veľmi dôležitým znakom eukaryotov je ich vlastné kompartmentalizácia - lokalizácia všetkých biochemických procesov v oddelených bunkových kompartmentoch oddelených intracelulárnou membránou. Eukaryoty majú množstvo komplexných štruktúrnych komponentov. Ako je membránový systém; cytoplazmatická matrica, ktorá je hlavnou intracelulárnou látkou; bunkové organely sú hlavnými funkčnými zložkami eukaryotov.
