На практике нередко встречаются ситуации, когда הארגון מבצע מספר פעילויות שונות. יחד עם זאת, חלקם כפופים ל- UTII, ובקשר ליתר מוחל משטר המס הכללי או שיש לשלם מס יחיד על STS. לפי נתוני ה- HK RF, קטגוריה זו של נישומים מחויבת לארגן חשבונאות נפרדת, שגיבושה ברוב המקרים מעלה שאלות רבות.
ככלל, הקשה ביותר הואבידול עסקאות החייבות ולא חייבות במע"מ. אומנות. 170 HK קובע כי בהעדר התחשבנות נפרדת עבור סחורות קנויות, נכסים וזכויות קניין, נשללת מהנישום הזכות לניכויים. גופים מסחריים המשלמים מס הכנסה נזקף יחיד ומיישמים מערכת משותפת חייבים להיות מודרכים על ידי הכללים הבאים:
- מע"מ נלקח בחשבון בערך הכולל של טובין אם הם משמשים בעסקאות שאינן חייבות במס זה (מסחר קמעונאי);
- מע"מ מנוכה עבור אותם טובין המשמשים לעסקאות החייבות במס זה (סיטונאות);
- עבור אספקה כללית, מע"מ נלקח בחשבון בעלות המוצרים ומנוכה בפרופורציות שבהן נעשה שימוש בסחורות אלה בעסקאות החייבות במס ושאינן חייבות במס.
הסכום הזכאי של הניכוי מחושב לפימהיחס בין שווי הסחורה שנשלחה, בכפוף למע"מ, לבין שווי הסחורה הכוללת שנשלחה בתקופת המס. יודגש כי יש ליישם את השיטה היחסית רק כאשר לא ניתן לקבוע מהו חלק המוצר המשמש לפעילות החייבת במס הכנסה זקוף יחיד. אם למפעל יש אפשרות להבדיל ברור של סחורות, חישובים אלה אינם נחוצים.
ראוי גם לציין שהחקיקה לאמגדיר שיטות ספציפיות לקיום חשבונאות נפרדת, תוך השארת ההחלטה בנושא זה לשיקול הנישומים. עם זאת, גופים שמשלמים מס הכנסה נזקף יחיד יחד עם מיסוי כללי אינם צריכים לתבוע מע"מ עודף ולאחר מכן לגבות אותו בתקופות עתידיות. בהקשר זה, יש להתעכב על טעות המתרחשת מעת לעת בפועל: החברה מגיעה לכל המוצרים למחסן הסיטונאי ותובעת מע"מ לניכוי, לאחר מכן, לפי הצורך, הסחורה מועברת לרשת הקמעונאית ולמע"מ המתאים. מתהפך ברבעון הנוכחי או שוחזר בתקופות מס עוקבות. אפשרות חשבונאית זו סותרת את הכלל לחישוב הפרופורציה המתוארת בקוד המס של הפדרציה הרוסית, בנוסף, היא מוסמכת על ידי בתי המשפט לבוררות כדרך להפקת הטבת מס לא מוצדקת על ידי תביעה בלתי חוקית של מע"מ עבור ניכוי מהתקציב. על מנת להימנע מבעיות במצבים כאלה, מומלץ לנישומים לעקוב אחר דרישות החקיקה, חישוב הפרופורציות, או להציג את המס לניכוי בתקופה מאוחרת יותר, כאשר היקף המוצרים הנמכרים בתפזורת יוגדר בבירור.
עבור ארגונים המשתמשים במערכת מיסוי פשוטה או כלליתהמערכת, כמו גם מי שמעביר מס יחיד על הכנסה זקופה, מחויבים לנהל חשבונאות נפרדת של הוצאות, לרבות עלויות עבודה, הנחוצות למיסוי נכון של הרווחים. אם מבנה הארגון מוגדר בבירור, אזי אין בעיות במילוי דרישה זו, אך לעתים קרובות לא ניתן לקשור חלק מסוים מהעלויות לסוג מסוים של פעילות. כך למשל, עלויות אחזקת מחסן משותף וצוות אדמיניסטרטיבי מתייחסות לתחזוקת החברה כולה. במקרים אלו יש ליישם גם את שיטת הפרופורציה. ההוצאות מוקצות לפי היחס בין סכום הפדיון לכל תחום לגובה ההכנסה ברוטו של החברה.
מצב דומה מתעורר כאשר לוקחים בחשבון את העיקריקרנות ארגוניות. נכסים המשמשים לפעילויות החייבות במס זקוף יחיד אינם חייבים בארנונה. במקביל, חלק מהאובייקטים מעורבים בכל תחומי המיזם. לצורך חישוב בסיס הארנונה יש צורך להכפיל את שווי השייר של רכוש קבוע אלו בחלק התמורה מהעסק הממוסה לפי השיטה הכללית.
