Első pillantásra egy közönséges Új Villa, izzóéjszakai fények az egész területén. Nincsenek riasztás jelei. Nyugalom és esti fáradtság van a levegőben. Az emberek rohannak haza, sárga taxik járják az utcákat, és a dolgozók körvonala időről időre bepillant az irodákba. Alex Mercer, a Prototype játék főhőse, amelynek passzusa e rendkívüli személyiség sorsáról fog mesélni, nem sokkal a boncolás előtt felébred a műtőasztalon. A fej forog, a tudat ködös, és az egész test lázas. Mi történik? Miért volt itt?
Lendületet kapunk
Az első párokban mutánsokkal vívott csaták zajlanakkicsiben, és a küldetések számos egyszerű feladat elvégzésén fognak alapulni: keressen fontos személyt, szerezzen információt, keresse meg nővére lakását és beszivárogjon be egy katonai bázishoz, korábban megváltoztatva az álruháját. Egy nappal később a város helyzete sokkal bonyolultabbá válik: a hír ismeretlen vírus megjelenését jelenti, a város több kerületét rendőrök és katonaság blokkolja, páncélosok közlekednek az utcákon. Amint láthatja, a "Prototype" játék, amelynek átengedése magában foglalja a mozgás és a feladatok végrehajtásának szabadságát, időszakonként megváltoztatja az interaktív világot, drasztikus változásokat hozva. Most a katonaság nemcsak egy érthetetlen szupermannal küzd, hanem olyan mutánsok seregével is, akik hihetetlen tempóban terjedő vírus hatása alá kerültek. Alex Mercer, New York és általában az emberiség feltételezett megmentője nem siet a hétköznapi halandók megmentésére. Számára az az elsődleges feladat, hogy megmentse a húgát, és információkat keressen magáról, a múltjáról. Egyébként a főszereplő nem olyan fényes ember - céljainak érdekében kész fertőzött és hétköznapi emberek százait megölni, egyáltalán nem figyelve arra, hogy hétköznapi lakók-e vagy bosszantó katonák.