Ensi silmäyksellä tavallinen uusi haarukka, hehkuvayövalot koko sen alueella. Ei merkkejä hälytyksestä. Ilmassa on rauhaa ja iltapäivää. Ihmiset kiirehtivät kotiin, keltaiset taksit kiertelevät kaduilla, ja työntekijöiden ääriviivat vilkkuvat toisinaan toimistoissa. Alex Mercer, prototyyppipelin päähenkilö, jonka kohta kertoo tämän erinomaisen persoonallisuuden kohtalosta, herää leikkauspöydälle vähän ennen ruumiinavausta. Pään pyörii, tietoisuus on sumuinen ja koko ruumis on kuumassa. Mitä tapahtuu? Miksi hän oli täällä?
Saamme vauhtia
Ensimmäisissä pariskunnissa käydään taisteluita mutanttien kanssapienessä mittakaavassa, ja tehtävät perustuvat useisiin yksinkertaisiin tehtäviin: etsi tärkeä henkilö, hanki tietoa, löydä siskosi asunto ja tunkeudu sotilastukikohtaan, vaihdettuasi aiemmin. Päivää myöhemmin kaupungin tilanne muuttuu paljon monimutkaisemmaksi: uutiset ilmoittavat tuntemattoman viruksen esiintymisen, poliisi ja sotilaat estävät useita kaupungin kaupunginosia, panssaroidut ajoneuvot ajavat kaduilla. Kuten näette, peli "Prototype", jonka kulkeminen merkitsee vapautta liikkua ja suorittaa tehtäviä, muuttaa ajoittain vuorovaikutteista maailmaa tekemällä rajuja muutoksia. Nyt armeija taistelee paitsi käsittämättömän supermiehen kanssa myös sellaisten mutanttien armeijoiden kanssa, jotka ovat joutuneet uskomattoman nopeasti leviävän viruksen vaikutuksen alaiseksi. Alex Mercer, oletettu New Yorkin ja ihmiskunnan pelastaja, ei kiirehdi kiirehtimään pelkästään kuolevaisia. Hänelle ensisijainen tehtävä on pelastaa sisarensa ja etsiä tietoa itsestään, menneisyydestään. Muuten päähenkilö ei ole niin kirkas henkilö - tavoitteidensa vuoksi hän on valmis tappamaan satoja tartunnan saaneita ja tavallisia ihmisiä, kiinnittämättä mitään huomiota siihen, ovatko he tavallisia asukkaita vai ärsyttäviä sotilaita.