Na pierwszy rzut oka świeci zwykły Nowy Widelecnocne światła na całym jego obszarze. Żadnych oznak niepokoju. W powietrzu unosi się spokój i wieczorne znużenie. Ludzie pędzą do domu, żółte taksówki przemierzają ulice, a sylwetki pracowników od czasu do czasu pojawiają się w biurach. Alex Mercer, bohater gry Prototype, której fragment opowie o losach tej niezwykłej osobowości, budzi się na stole operacyjnym na krótko przed sekcją. Głowa się kręci, świadomość jest zamglona, a całe ciało ma gorączkę. Co się dzieje? Dlaczego on tu był?
Nabieramy tempa
W pierwszych parach odbędą się bitwy z mutantamina małą skalę, a misje polegać będą na wykonaniu szeregu prostych zadań: odszukanie ważnej osoby, zdobycie informacji, odnalezienie mieszkania swojej siostry i infiltracja bazy wojskowej po uprzedniej zmianie przebrania. Dzień później sytuacja w mieście znacznie się komplikuje: wiadomości zapowiadają pojawienie się nieznanego wirusa, kilka dzielnic miasta jest blokowanych przez policję i wojsko, po ulicach jeżdżą opancerzone pojazdy. Jak widać, gra „Prototype”, której przejście implikuje swobodę poruszania się i wykonywania zadań, okresowo zmienia interaktywny świat, dokonując drastycznych zmian. Teraz wojsko walczy nie tylko z niezrozumiałym nadczłowiekiem, ale także z armiami mutantów, którzy ulegli wpływowi rozprzestrzeniającego się w niesamowitym tempie wirusa. Alex Mercer, rzekomy wybawca Nowego Jorku i całej ludzkości, nie spieszy się, by ratować zwykłych śmiertelników. Dla niego podstawową sprawą jest zbawienie siostry i poszukiwanie informacji o sobie, o swojej przeszłości. Nawiasem mówiąc, główny bohater nie jest tak błyskotliwą osobą - ze względu na swoje cele jest gotowy zabić setki zarażonych i zwykłych ludzi, nie zwracając absolutnie żadnej uwagi na to, czy są zwykłymi mieszkańcami, czy irytującym wojskiem.