Suvremeni Azerbejdžan u skladu strenutni je Ustav sekularna država. Religija i država službeno su odvojene jedna od druge, međutim, njezina je uloga u društvu prilično velika. Zemlja je usvojila i djeluje zakone koji određuju pravni status religija u društvu i položaj građana u odnosu na religije. Azerbejdžan, u kojem je religija multikonfesionalna, jedna je od prilično tolerantnih država u međureligijskim odnosima.
Danas glavna religijaAzerbejdžanci - šiitski islam. Prema statistikama, ovu religiju prakticira preko 99,2% stanovništva, a postoji i određeni dio stanovništva koji se drži sunitske grane islama (približno 15%). Na čelu islama u Azerbejdžanu i drugim zemljama Zakavkazja je Duhovna uprava muslimana Zakavkazja, koja je stvorena na inicijativu I. Staljina davne 1943. godine. Glavno tijelo ove institucije nalazi se u Bakuu. Od 1980. na čelu joj je šejh-ul-islam hadži Allahshukur paša-zadeh. Nakon raspada SSSR-a i neovisnosti Azerbejdžana, ova duhovna organizacija dobila je novo ime - Kavkaski muslimanski ured. Na teritoriju zemlje nalaze se 1802 džamije pod njegovom jurisdikcijom, osim toga postoje džamije u Lankaranu (75) i regiji Massaly (12).
Kršćanstvo je na drugom mjestu u Azerbejdžanupo broju vjernika. Kao i sama država Azerbajdžan, religija kršćanstva ima dugu povijest dulju od 2000 godina. Njegova je distribucija izravno povezana s aktivnostima apostola Bartolomeja. Prema legendi, upravo je on prvi od Kristovih učenika posjetio ovu zemlju i donio kršćansku vjeru njezinom narodu. U Bakuu postoji mjesto gdje je apostol Varforlomej prolio svoju krv i prihvatio smrt za vjeru. Do danas je ovo svetište već dvije tisuće godina mjesto hodočašća i štovanja. Pravoslavno kršćanstvo najšire se širilo na teritoriju današnjeg Azerbejdžana u 4. stoljeću, istodobno je stvorena autokefalna albanska crkva (ovaj je naziv dobila u skladu s tadašnjim nazivom ovih zemalja - Kavkaska Albanija). Sada u zemlji postoji 5 pravoslavnih katedrala, od kojih 3 funkcioniraju u glavnom gradu.
Katoličanstvo se u zemlji pojavilo kasnije - tek godineU 14. stoljeću njegovo je širenje povezano s misionarskim aktivnostima katoličkih redova na teritoriju Zakavkazja, koji je također zauzeo Azerbejdžan. Religija katoličanstva pridonijela je širenju europske kulture, pojavile su se škole i katolički samostani. Godine 2002. papa Ivan Pavao II boravio je u pastoralnom posjetu Azerbajdžanu. Danas u Bakuu postoje katoličke katedrale, sklonište i Red sestara milosrdnica.
Protestantizam u Azerbejdžanu predstavlja 25 zajednica evanđeoskih kršćana-baptista, u kojima čita oko 3 tisuće vjernika.
Judaizam predstavljaju tri židovske zajednice,koji su unatoč teritorijalnoj nejedinstvu prilično utjecajna institucija javnog života zemlje. Konkretno, na njezinu inicijativu u Azerbejdžanu djeluju agencija „Sokhnut“, razne organizacije i vijeća za očuvanje židovske kulturne baštine, vjerske škole, Kulturni centar židovstva aktivno djeluje. U glavnom gradu zemlje nalazi se 6 sinagoga, a najnovija od njih, koja je otvorena 2003. godine, smatra se jednom od najvećih u Europi.
Značajka Azerbejdžana je u tomeu zemlji je očuvan takav vjerski trend kao što je zoroastrizam. Njegovo podrijetlo datira iz prvog tisućljeća, kada je zoroastrizam prodro u Azerbajdžan. Religija zoroastrizma bila je najutjecajnija u ovim zemljama gotovo tisućljeće. Nije sasvim slučajno, vjerojatno, prema nekim stručnjacima, sam naziv "Azerbejdžan" u prijevodu znači "Zemlja vječne vatre". I danas su kulturne tradicije zoroastrizma popularne u Azerbejdžanu. Pojavljuju se čak i tijekom tradicionalnih blagdana drugih religija u obliku igara, rituala, koji su posebno popularni među mladima u ruralnim područjima.
